ボットネットは、検知が非常に困難な上、大規模な運用セキュリティーを実装することで侵入者をかくまい、肝心の指揮統制(C&C)サーバーを隠すことで、非常に高い耐性も備えています。さらにボットネットは、感染したPCに深く食い込んだマルウェアの働きによってアンチウィルスツールや従来型のセキュリティーツールにも耐えることができます。企業の安全を守り円滑な運営を行うためには必要不可欠なボットネット対策ですが、実際に保護をするのは非常に困難です。
この点において、Pipeline SecurityのBorder Gateway Protocol(BGP)ファイアウォールおよびボットネット指揮統制保護が大きな力を発揮します。